A remoção da vegetação nativa nos planaltos para implementação de lavouras e de pastagens sem considerar a aptidão das terras e a adoção de práticas de manejo e conservação de solo, além da destruição de habitats, acelerou os processos erosivos nas bordas do Pantanal. A conseqüência imediata tem sido o assoreamento dos rios na planície, a qual tem intensificado as inundações, com sérios prejuízos à fauna, flora e economia do Pantanal. O assoreamento do rio Taquari constitui, hoje, o principal problema do Pantanal e de Mato Grosso do Sul, com inundações quase permanentes de uma área aproximada de 11.000 Km2 nas sub-regiões da Nhecolândia e Paiaguás. A pecuária, principal atividade econômica, desta região tem sido drasticamente afetada.
A Embrapa Pantanal, preocupada com esse quadro de degradação ambiental da bacia do rio Taquari vem desenvolvendo, desde 1994, vários estudos que objetivam entender e quantificar as relações de causa e efeito que ocorrem nos planaltos, e que se refletem no Pantanal. Podemos destacar nestes estudos para a bacia do alto Taquari (BAT), o uso do solo, a avaliação e o mapeamento do potencial das perdas de solo, a evolução da erosividade das chuvas e a utilização de pesticidas na BAT. Na planície do rio Taquari, estão sendo avaliadas e realizadas as taxas temporais de deposição de sedimento, a partir da década de 70, o estudo do aporte, transporte e deposição de sedimento, evolução do regime hidrológico, bem como, as alterações na vegetação, avaliação da qualidade da água e impactos na ictiofauna e na sócio-economia.
As informações geradas neste estudos de impacto ambientais e sócio-econômicos, visam subsidiar políticas, legislação, programas, planos e ações de desenvolvimento para esta importante região do Pantanal.
A implementação do gasoduto Brasil/Bolívia, abre algumas perspectivas industriais para a região, mas poderá desencadear alterações nos ecossistemas aquáticos do Pantanal e da bacia platina.
Além disso, a hidrovia Paraguai-Paraná desperta a atenção da sociedade pelos impactos que poderá promover. Da mesma forma, a construção de estradas, diques e canais devem ser precedidas de estudos de impacto ambiental e sócio-econômico. Todas estas obras, possivelmente, serão avaliadas pela Embrapa Pantanal em momento oportuno . No rio Taquari, o fechamento de canais naturais, o restabelecimento de margens e de arrombados devem ser meticulosamente avaliados do ponto de vista ambiental e sócio-econômico, demandado atenção especial das autoridades pelos sérios prejuízos que estão causando à economia do Pantanal.
A caça e pesca clandestinas e a introdução de espécies exóticas se constituem também em graves ameaças à preservação dos recursos naturais desta região, devendo merecer a atenção especial das autoridades competentes.
A pesada utilização de agroquímicos nos planaltos adjacentes ao Pantanal é uma outra grave ameaça à biodiversidade dos ecossistemas do Pantanal.
O ecoturismo, embora seja uma das principais alternativas sócio-econômicas para a região, necessita de planejamento para ser explorado em bases sustentáveis.
Todo esse conjunto de problemas atuais e potenciais decorrentes da atividade humana nos planaltos e na planície, demonstra que as ações a serem implementadas numa bacia hidrográfica devem ser alicerçadas em estudos integrados, onde as relações de causa e efeito necessitam estar bem delineadas e aceitas pela sociedade.
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